Ένα από τα πιο σημαντικά και ζωτικά προβλήματα που αντιμετωπίζει ο λύκος στην Ελλάδα είναι και το φαινόμενο της αιχμαλωσίας του, δηλαδή της κατοχής του από ιδιώτες. Είναι παγκόσμια γνωστό πως ο λύκος είναι ένα μυθικό σύμβολο φόβου και δύναμης. Οι ιδιοκτήτες των λύκων πιθανά να νοιώθουν δυνατοί και ισχυροί «δαμάζοντας» το πιο «κακό» ζώο στην υφήλιο. Το πρόβλημα αυτό όμως έχει διάφορες προεκτάσεις:

1. Στην περίπτωση του φόνου των ενήλικων για τη σύλληψη των κουταβιών, καταστρέφεται ολόκληρη αγέλη, η οποία αποτελεί αναπόσπαστο λειτουργικό τμήμα του ευρύτερου πληθυσμού μιας περιοχής.
   
   
2. Η κατοχή λύκων από ιδιώτες ενισχύει το φαινόμενο του υβριδισμού του λύκου με σκύλους με δύο τρόπους:

   α) υπάρχει περίπτωση άμεσης διασταύρωσης με απόφαση των κατόχων, έχοντας την αφελή εντύπωση πως θα δημιουργήσουν «λυκόσκυλα» (γερμανικό ποιμενικό σκύλο).

   β) στην περίπτωση προβληματικών-επιθετικών ατόμων (λύκων ή και υβριδίων) προβαίνουν στην εγκατάλειψή τους. Τα ζώα αυτά καθώς είναι απόλυτα εξαρτημένα από την ανθρώπινη παρουσία, διαβιώνουν κοντά σε κατοικημένες περιοχές, προκαλώντας ζημιές αλλά και ζευγαρώνοντας με αδέσποτους σκύλους.

3. Υπάρχουν πληροφορίες για παράνομο εμπόριο λύκων οι οποίοι χρησιμοποιούνται για παραγωγή υβριδίων.
   
   
4. Τέλος υπάρχει και η περίπτωση τυχαίας ανεύρεσης κουταβιών από κάποιον και η μετέπειτα εκτροφή και φροντίδα τους.

Στην Ελλάδα, η κατοχή του λύκου είναι παράνομη σύμφωνα με το Δασικό Κώδικα από το 1969. Στο πλαίσιο συμμετοχής του Περιβαλλοντικού Κέντρου στο πρόγραμμα LIFE «ΛΥΚΟΣ», το οποίο υλοποίησε ο ΑΡΚΤΟΥΡΟΣ από το 1998 έως το 2001 δημιουργήθηκε το Καταφύγιο του Λύκου, ένας ειδικός χώρος για τη φιλοξενία αιχμάλωτων λύκων, που προέρχονται είτε από κατασχέσεις, είτε από ζωολογικούς κήπους. Οι πρώτοι λύκοι προήλθαν από το Κέντρο Περίθαλψης Aγριων Ζώων και Πτηνών της Αίγινας, στο οποίο κατέληξαν μετά το κλείσιμο ζωολογικών κήπων της Αθήνας (Εθνικός Κήπος, Νέα Φιλαδέλφεια), ενώ στη συνέχεια μεταφέρθηκαν εδώ και λύκοι από κατασχέσεις αλλά και από τον ζωολογικό κήπο της Φλώρινας.

Οι λύκοι αυτοί, απομακρυσμένοι από τη φυσική κοινωνική τους ομάδα, την αγέλη, από πολύ μικρή ηλικία και έχοντας ζήσει σε άμεση εξάρτηση από τον άνθρωπο, όπως και οι αιχμάλωτες αρκούδες, δεν γνωρίζουν τους βασικούς μηχανισμούς επιβίωσης και κατά συνέπεια, και αυτοί είναι αδύνατο να επανενταχθούν και να επιβιώσουν στο φυσικό τους περιβάλλον. Μετά την εισαγωγή και την περίθαλψή τους στον Κτηνιατρικό Σταθμό και αφού στειρωθούν μεταφέρονται στο Καταφύγιο του Λύκου, στο ειδικά περιφραγμένο τμήμα φυσικού δάσους βελανιδιάς, έκτασης 70 στρεμμάτων, όπου θα ζήσουν το υπόλοιπο της ζωής τους.